Zubir meninggal dunia pada usia 80 pada 16 November 1987 di Joo Chiat Place di Singapura, meninggalkan empat orang anak perempuan dan seorang anak lelaki. Walaupun Zubir meninggalkan hanya S$20,000 kepada pewarisnya. Pada tahun 1990, hidup dan semangat Zubir sebagai pemuzik telah didokumentarikan di dalam sebuah buku bertajuk Zubir Said: Lagunya, dan pada tahun 2004 sebuah patung gangsa berkaca mata Zubir yang bernilai S$20,000 telah diabadikan di Galeri 6 Pusat Warisan Melayu, Singapura yang memberi penghormatan kepada ikon dalam bidang seni dan budaya Melayu.[10]